该剧以刘铭传抗法保台、策划建省、开发建设台湾等历史事件为主线，客观、形象地展示出台湾在那段历史中的风云变幻，以及海峡两岸呼唤民族团结、渴望祖国统一的心声。
公元1884年，中法战争爆发，法国侵略者在中国的藩属国越南挑起事端，大举进攻中国驻军，援越桂军遭受北宁惨败。法国向中国提出巨额赔款要求，因目的未曾达到，恼羞成怒，派中将孤拔率领远军舰队开赴中国，企图占领台湾港口，迫使清政府屈服就范。
战报传到京城，朝廷震怒，战和两派争执不下。刚刚掌握朝廷实权的慈禧决心与法军开战。于是急招归隐已久的淮军大将刘铭传回京，临危受命，以巡抚衔督办台湾军务，担负起保台抗法的重担。此事遭到湘军老帅左宗棠的强烈反对，认为刘铭传好大喜功，品行不端，不可委以重任。刘铭传费尽心思，不仅说服李鸿章，还打动了左宗棠，总算得以成行。
为打击清政府，在谈判桌上获得优势，法军准备截杀刘铭传。刘铭传得知此事，以谈判副使的身份来到上海。又故意出入青楼妓院，迷惑法国人。经过巧妙周旋，终于有了机会，即将成行。不料，援越淮军在越南观音桥打了胜仗，慈禧突然变卦，命刘铭传继续留在上海参与谈判。更让人忧虑的是，台湾兵备道刘璈担心刘铭传抵台后自己地位不保，纵容其子刘浤将刘铭传收养太平天国护王之女刘淑婷一事透露给朝臣。满朝为之哗然。
法方的无理要求再次激怒慈禧，用人之际，有意庇护刘铭传，便勒令刘铭传尽快赴台。而此时孤拔已经封锁海面。无奈之下，刘铭传接受了日本人的帮助，乘商船驶往台湾。
刘铭传抵台后，发现台湾战备松懈已久，无兵、无炮、无饷，不堪一击。再加刘璈父子以及湘、淮两系将官矛盾重重。面对众多棘手问题，刘铭传凭着自己的智慧和魄力逐一解决。
1884年8月4日，法军统帅孤拔向中国基隆驻军送来“劝降书”，被严词拒绝后，发动首次进攻，轰炸了基隆炮台。面对敌强我弱，刘铭传诱敌深入。法军不知是计，登陆后拼命抢占制高点。清军趁机伏兵四起，将法军打得惨败。孤拔一怒之下炸毁了福建马尾船厂，随后孤拔又封锁台湾海峡，断绝大陆的援助。台湾孤立无助，危在旦夕。
当法军卷土重来之时，刘铭传考虑到沪尾的战略位置十分重要，毅然决定令人炸毁基隆煤矿，使法国兵舰得不到煤的补给。又采纳李彤恩的建议，主动撤出基隆，全力保住沪尾。撤基保沪的英明决定，却不被大多数人理解。湘系将领孙开华等人甚至激烈反对，自己的淮系将领曹国忠等人跪地哭谏。刘璈父子为使事态恶化，煽动不明真相的番民滋扰闹事。但刘铭传毫不动摇，喝令“有不遵令者斩”。
法军轻易占领基隆，却发现基隆已是一座空城。战舰得不到足够的补给，无法长期作战，孤拔不得不强攻沪尾。刘铭传早有准备在沪尾再次大胜法军。孤拔不甘失败，率舰队北上攻击定海。激战中孤拔本人也中弹负伤，不久，在澎湖郁郁而死。中法战争就此结束。
在请功奏折名单中，刘铭传把湘系将领孙开华等人列在首位，而对立下战功的儿子、孙子却只字未提。宣读完嘉奖圣旨，那些怀疑过刘铭传，或有门户之见的下级全都痛哭流涕。他“亲者严、疏者宽”的风范赢得了人们的尊重。
沪尾大捷使刘铭传名声大噪，也使他的对手越发忌妒不安。刘璈急忙上书弹劾刘铭传，又鼓动在福建的左宗棠上折严参刘铭传。左宗棠虽力主抗法，却对淮系积有旧怨，在陕西任上又曾与刘铭传交恶。此前，他精心营造的南洋水师和马尾船厂，一夜间在法军的炮火下化为灰烬，正无法挽回面子，于是借刘铭传“擅自丢失基隆”一事上折。表面看是在参劾刘铭传的属下李彤恩，矛头却明显指向刘铭传。
刘铭传意识到台湾防务的重要，毅然上书朝廷，提议台湾建省，借回京陛见之机，在朝臣中大造舆论，称已将老家的财产全部变卖，捐助台湾建省，他本人也情愿老死台湾。左宗棠等老臣也主张台湾建省，慈禧无奈，只好答应建省，却不拨给所需经费。
刘铭传当上了台湾的首任巡抚。一败涂地的法国人依然从清政府手中得到了部分赔款。刘铭传在气愤之余感到国力衰微所以才受人欺辱。本来就主张兴办洋务、振兴国家的刘铭传此时更想在台湾大干一场，把台湾建成一个向西方看齐的工业、商业和实业的强者。
为了筹集建省资金，刘铭传实行清丈土地——清赋。这一举措受到地主豪绅的强烈反抗，于是，林氏望族借逼死人命为由，在巡抚衙门前聚众闹事，还为刘铭传抬来一口棺材。李彤恩挺身而出，承担责任，为刘铭传开脱“罪名”。刘璈的儿子刘浤却借机兴风作浪，一面制造事端挑拨番民与官府对抗，一面与日本人勾结，企图借刀杀人，除掉刘铭传。
日本人为达到侵占台湾的目的，希望介入台湾重要设施的建设，要参股铁路。刘璈得到日本人的资助，以为自己为铁路建设筹集资金功不可没。刘铭传却十分怀疑这些钱的来历，时刻提防着日本人的阴谋。经多方查证，终于查出幕后操纵者是日本人。刘铭传将这笔钱原样归还。刘璈对刘铭传更加不满。
修建铁路需经过湘军“霆字营”将士的坟墓。湘军主将孙开华率领部分湘军坐守坟地，声称谁敢惊动长眠的弟兄便以死相见。刘铭传晓之以理无效，只好为自己修建坟墓，以示身后葬在台湾的决心。孙开华闻之叹服，主动请求为“霆字营”的弟兄迁坟。
为了让当初炸毁的煤矿早日出煤，以备台湾今后战时用煤，刘铭传决定将煤矿承包给外国人。刘璈将此事报知朝廷，朝廷痛驳刘铭传与洋人的这种合作方式有失国体。刘铭传预感自己在台湾的时日已不多，为了台湾的未来，刘铭传四处奔走，希望沈应奎能成为下一任的台湾巡抚。为给沈应奎排除障碍，他继续参劾刘璈。慈禧为让刘铭传离开台湾，欲擒故纵，先将刘璈的官职罢免。
刘浤为给父亲泄愤，怀揣日本人提供的炸弹，朝刚刚从巡抚衙门出来的刘铭传扑去。刘浤被炸得血肉横飞，刘铭传却安然无事。刘璈得知儿子被炸，悲痛欲绝。独自来到刘铭传府邸下帖，要他次日单身赴宴，声称有话叙谈。
湘军主将孙开华，听信刘璈诱导之言，不顾越权之嫌，毅然参劾刘铭传“违制律私罪”。
刘铭传准时赴宴。刘璈拿出一道拟好的奏折，说上面参劾刘铭传征战有功，抚民有德，却欺哄朝廷，败坏纲常，以台湾为注，博自己之声名！要刘铭传将折子转奏朝廷。说罢狂笑几声，服毒自尽。刘铭传深感意外，刘璈为了搬倒他，不惜尸谏。
沈应奎劝阻刘铭传不要将刘璈的遗折公诸与世，刘铭传不从，以八百里急送将其发出。不久圣旨传来，要刘铭传回京叙职。刘铭传动身之时，台湾百姓聚在码头，赠万民伞，含泪相送……
刘铭传在京遇到邵友濂，得知他即将赴台湾新任巡抚，不禁眼前一黑，深知此人精于官道，预感台湾新政将断送此人之手。慈禧召见刘铭传，对他好言安抚，赏赐各样物品，要他回家养老，以示皇恩浩荡，却只字不提台湾。刘铭传抑郁而去……
公元1895年，《马关条约》签定，大清痛割台湾。日寇登陆进袭，台湾军民再次携手抗敌。在刘老圩赋闲的刘铭传得此消息，悲愤交加，口吐鲜血……
