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80年代初，我国“激光”专业根据国家教委统一规定改名为“光电子技术”专业。1982年，哈工大成立了激光研究室。1987年成立了“光电子技术研究所”，1993年，依托光电子技术所建立了“航天工业总公司哈工大光电子技术开放实验室”。1994年，经国防科工委批准，立项建立国家级重点实验室（可调谐激光技术国家级重点实验室）。1996年12月正式通过验收。马祖光把“为航天光电子技术发展做贡献”作为主导思想，建成了一个具有国际一流水平的实验基地。他为这个基地的建设鞠躬尽瘁，贡献了自己毕生的心血。
在实验室建设上，少花钱，多干事，把钱用在刀刃上，是马祖光带领全专业同志干事业的原则。在奖金很少的情况下，他调动了每一名教师的积极性。
他们最初争取来的实验室用房是电机楼地下室的一个大仓库。站在这个满是灰尘、空荡荡的大仓库里，马祖光鼓励大家说：“咱们要吃猪肉，必须从盖猪圈开始，现在不是挺好吗？”
刘国立现在还记忆犹新：“地下室阴冷潮湿，而激光设备又怕潮，我们每天要用 3台吸湿器24小时不停地吸，每天能吸出好几桶水。有一次暖气冻裂了，屋子里全是水和汽，光学元件受损了。马老师抚摸着这些受损的仪器都心疼得掉了泪……仪器受损后，我们都怪学校条件不好，有怨气，可马老师没向学校提出任何要求，没说一句抱怨的话。”
他们到航天部去争取经费，凭着马老师的声望，第八机械工业总局、国防科工委先后给解决了大笔经费。马祖光格外珍惜这些经费：“那是国家在不富裕的情况下给的武装实验室的钱呵。”
为了建立我国自己的新激光体系，马祖光开辟了新激光介质研究的新领域。“ 863”的介入，又给专业的发展提供了一个新的台阶。马祖光的决心很大：“专业要发展，一定要有一流的实验室，没有一流的实验室就干不出来一流的成果！”
在实验设备的购置和使用上，马祖光坚持认为：各课题组分散使用设备，各自为政，不考虑整个专业，需要什么就买什么，这是浪费。他说：“实验室的设备不属于任何课题组，要统一调配。买设备的资金要集中使用，不能重复购买设备。公家的钱不能随便花，实验室的设备每个课题组要交叉使用，谁也不能独霸。设备要有充分的利用价值，要最大限度地发挥作用。”如今这个传统一直保留下来，到现在各课题组还是交叉使用设备。
马祖光精打细算，带领同事们硬是从科研经费中挤出数百万元购买仪器设备，他们的科研经费固化率达 50%以上。到1996年，他们自己筹款建的设备加之国家投资，已拥有50万元以上的设备近10台，其中有一台当时是亚洲指标最高的飞秒激光装置，是花38万美元从美国引进的。1996年，他们的仪器设备固定资产达1600多万元，占当时全校八大学院70个实验室的十分之一。
1992年，地下室部分的实验室由“大仓库”搬到了平房。实验室边建设边出成果，一流设备给这里的高水平试验提供了得天独厚的条件。马祖光和同事们及研究生的许多国际首次做出的成果，就诞生在这个简陋的实验室里。
一位美籍华人来这里参观后，感慨地说：“看着那座简陋的房子我都不想进去了。可是走进实验室看到这里的先进设备并了解到国际一流的科研成果在这里诞生时，让我感到真是了不起，了不起！”
马祖光领导的国家级重点实验室，设有重点实验室基金，其中60%是外单位立题。他们和同行之间建立了实质性的合作，吸引了一批国内知名学者客座研究，为开展创新性研究创造了条件。目前已先后有中科院上海光机所、长春光机所和天津大学等16个著名研究单位和高校在实验室立题20多项，从1998年到2002年4年间经费达240万。目前哈工大国家级重点实验室已成为在国内有相当影响的、为国防光电子武器装备服务的研究基地之一。
国家高技术X光专家组检查了专业情况后在会议的纪要中写到：“专题组对哈工大课题组经过“七五”努力建立的实验条件产生了深刻的印象，这是一个发展高技术课题研究、培养高技术人才的很好的场所”。
1992年12月8日，由北京大学、南开大学等6所高校的专家组成的鉴定委员会对马祖光等人的“培养高层次专业人才的实验基地”的教学成果进行鉴定，认为“与同类专业相比设备是一流的，水平是领先的，培养的研究生是与国际水平相当的。他们的工作经验是有推广价值的”。1993年，这项成果获省教学成果一等奖。
1996年，国家级重点实验室验收委员会在验收时，给出了这样的评价：“在边建设、边运行过程中，通过承担国防科技预研、国家‘863'计划、国家自然科学基金等科研任务，初步运行已见效果，显示了很强的开展可调谐激光技术、光束质量改善技术和新型激光信号接收技术等基础研究工作的能力，取得了一批高水平的成果，培养并集中了一批优秀人才”。
国家自然科学基金设立以来，这个学科共获课题 40多项，“九五”期间承担了10多项总装预研课题和“863”计划课题。
2000年，国家级重点实验室评估，他们在“电子元器件与技术”领域排在了第二位。
1996年和1999年，著名光学专家、两院院士王大珩两次参观实验室，并主持重点实验室验收。他高兴地亲手写了这样的条幅：“开拓激光科技，实现创新型突破，面向现代国防，贵在基础性预研”。看到他们开展的工作后，他两次均给予了很高的评价。他说：“与某些西方国家同类单位相比，他们也不过如此。在国内，激光介质研究你们是惟一的一家。只看你们的文章与亲眼看看你们的工作可不大一样。你们可以召开国际专业性会议，让人家知道你们。你们可以再申请国家自然科学奖。”
一流的实验室基地、国际前沿的重大科研方向、高水平的研究工作和国际首次的研究成果，受到国内外同行专家的瞩目。十几个国家的高校与研究所主动和他们建立学术交流关系。美国莱斯大学蒂特教授、美国依阿华大学斯特瓦利教授、德国汉诺威大学光学研究所所长威廉教授和日本、俄罗斯、意大利、南斯拉夫以及巴基斯坦等国家的激光专家先后到哈工大光电子技术专业实验室参观。他们惊叹这个专业在这么短的时间内取得的成就。
国际著名物理学家、意大利的阿芒道和阿里格里尼教授夫妇说：“看到你们这样前沿性的工作，我们感到特别高兴！”他们从中国回去不久，就给实验室研究锶原子共振滤波器的课题组寄来了在中国买不到的超纯锶。
日本东京电气通讯大学威达教授说：“我在北京的朋友告诉我，你们的实验室是中国最好的实验室之一，我也这样认为。我参观了你们的实验室并与你们的学生进行了讨论，对你们活跃的科研工作以及一批高水平的教授和学生留下了深刻的印象。”
俄罗斯克拉斯诺亚尔斯克大学校长、俄罗斯科学院院士布罗沃罗夫教授和新西伯利亚科学院分院克拉斯诺亚尔斯克科学中心副主任、工程院院士萨巴列夫教授与他们建立了长期的合作关系，双方每两年举办一次国际会议。美国莱斯大学的蒂特教授在与哈工大的合作项目书中写到“哈工大与莱斯大学课题组间的科技合作将是最好的配合”。
实验室武装得好，大家都要跟着马祖光节衣缩食。“马老师花钱很仔细，他总是千方百计地想办法节省经费武装实验室，他还要求各课题组集资，把省下来的钱用于教学实验室建设上。他有钱就买设备武装实验室。”跟他创业的人尽管苦，但他们理解马老师的做法。一位老教师说：“老马更苦，他从来不以权谋私，不搞权钱交易，不搞歪门邪道，一心扑在工作上。他从不拿公家的钱乱派用场胡乱花。本是公家的事，有时还要自己掏腰包。”
有一次，系主任在一次专业会上说：“你们激光专业的人待遇也得提高一点儿啊？”一位教师去学校物资处报表，物资处的一位处长说：“全国高校固定资产固化率是 20%，而你们马老师有点钱就变成固定资产，你们的固化率远远超出了这个水平。马老师带着你们这些人，置房子置地，在全校就数你们的资产固化率最高。”马祖光每次听到这样的话都会说：“我们专业必须有先进的设备，该买的买，不该买的就不买。仔细算省下钱再买最需要的。”因为当时主要从事基础性研究和纵向课题，没有精力去从事横向课题研究，所以大家的收入很少，奖金也少，但大家还是愿意跟他干。奖金少，马老师也着急。他作为“863”第一批领域专家，有一年他得到高技术专家4000元津贴，就把本属于自己的钱当奖金分给大家，当时很多人不知道这是马老师自己的钱。
马祖光为学科建设和学科发展付出的精力和心血是无法用文字描述的。在实验室，他拖着病身子超负荷“运转”，遇到困难从没有抱怨。他的同事，每时每刻都能被他这位学术带头人和引路人那种高瞻远瞩的科学思想和不断追求真理的坚忍不拔的毅力所感染。
高瞻远瞩，瞄准前沿。“要与世界科技界有同等对话的权利”，他开拓、凝练学科方向，引领创新潮流。在短时间内，奠定了学科在国内外同领域的地位
激光专业成立初，马祖光就高瞻远瞩，把专业的发展定位在国际前沿水平上。他提出了一个振奋人心的口号：“我们要建一个有特色的专业，要在国际上占有一席之地。与世界科技界有同等对话的权利。”
在学科建设中，他根据国家发展需要，确定了明确的研究方向,并不断地提出和扩充新的研究课题和研究方向，先后提出和凝练了激光介质光谱、新型可调谐激光、X光激光、非线性光学技术、红外激光技术和激光空间信息技术等多个具有创新性的世界前沿科研方向，带领学科组以多项创新工作和引人瞩目的一流成果，奠定了这个学科在国内外同领域的地位。
马祖光逝世后，王骐教授怀着惋惜的心情说：“在学科建设上，马老师做了一系列的策划，他是我们学科建设的魂。”马祖光领导的光电子学科的科研方向一直在他回国后提出的方向的基础上走下去，并取得了一批处于国际前沿水平或国内开创性的成果。他们先后在二聚物准分子、固态三原子准分子、四原子准分子等体系研究上，取得了一系列创新成果，同时在具有国防应用前景的新型可调谐激光及光电子技术研究上，取得重大进展，在国际上首先实现激光振荡 10项，发现新荧光谱区17个。
他们探明了激光动力学过程，解决了Na分子中第一个三重态激发态可产生激光输出的难题，提供了这一类体系获激光的新方法，完成了从观察到发现荧光，直到获得激光振荡的完整过程。他们首先观察到非线性光学过程7种，开展了Na 2 、Li 2 、K 2 光谱研究，并首先观察到了13个新谱区。这些光谱的研究工作都受到了国际瞩目，被美国前光学学会主席补充在他所编著的《激光手册》中，其中部分工作已收入到《中国激光大事记》。
光电子技术学科的建设和发展速度是有目共睹的，1981年，建立了电子物理与器件硕士点和理科光学（激光技术）硕士点；1986年，建立了电子物理与器件博士点；1987年，建立了光电子技术研究所；1994年，国家级重点实验室的建立，为大量的技术基础和探索性强的应用研究提供了条件，他们所做的项目都有明确的应用背景和目标。
哈工大光电子技术专业建设在激光介质光谱与可调谐激光、X光激光、非线性光学技术的研究方面在国内同类学科中是有代表性的，在方向上形成了自己的特色。他们开展的激光空间信息技术研究为国防服务的特色突出 ， 如卫星间激光通信、激光主动成像雷达、战场侦毒等都是国防建设和武器装备急需的重大技术。
1989年，马祖光等人的“蒸气二聚物激光与介质中非线性过程的研究”获国家自然科学奖。国家科学技术委员会评价这是“激光科学的重要前沿课题”，“做了激光振荡探索方面、非线性效应研究方面和激光感生荧光谱方面的创新工作”，“对激光光谱学和激光器动力学学科的发展有一定的推动作用”。
“蓝光激光水下通讯”，是至今国际上仍未成熟的研究领域。 80年代初，马祖光就针对这个研究方向，提出开展S 2 蓝绿激光研究课题。在十几年的探索中，马祖光提出并指导研制了纯放电S 2 蓝绿可调谐激光器件，已观察到蓝绿光放大，即已观测到增益，将获得激光输出。这是马祖光领导课题组从激光介质光谱研究入手，直到研制成一种新的激光器件这样一个完整创新研究过程的典型，这将是国际上具有自主知识产权的中国人自己发明的新的激光器。在《中国激光科技发展1988年巡礼》中，这项研究被称为“代表中国1988年度所发展的5种新型激光之一”，并将可以用于水下对潜通讯、水下地形、障碍物等探测。
马祖光开拓了四原子准分子激光研究新领域，这个课题当时国外没人干，是一个难题。马祖光和博士生们的研究工作做得很出色，填补了国际空白。国际激光会议和CLEO太平洋周边会议特邀他去作报告。
马祖光对国防光电子技术应用研究做了有重大意义的探索和研究。他在国内首先开展了“非线性光学相位共轭技术”，并用于激光远程大气传输波前畸变补偿和对运动目标自动寻的和跟瞄。这是一项在激光武器中使激光能量更有效地集中地打到目标上，更好地发挥激光破坏作用的技术。马祖光带领课题组利用非线性效应改善了激光光束质量。该项研究获得航空航天工业部科技进步一等奖，同时获国家发明专利。
“毛细管放电 X 光激光”是“小型化 X 光激光”研究方向的一个典型课题。这个课题的负责人王骐教授说：“为了使 X 光激光能尽快走向应用， 1986 年，马老师给航天部打报告，提出开展‘小型化 X 光激光'研究方向，这项研究被纳入‘ 863 '计划。哈工大是当时国内最早提出小型化 X 光激光研究方向并最早开展研究的单位。马老师作为学科带头人高瞻远瞩地确定了这个研究方向，方向正确就是成功的一半。毛细管放电 X 光激光有可能用于 IT 产业超大规模集成电路的 X 光激光光刻和激光等离子体诊断。国际上认为这是 X 光激光最早走向应用的最好方案。在一次国际会议上，这种方案被专家们打 10 分，是最高分。”
2004 年 6 月，在马祖光逝世近一周年的日子里，经过 8 年的努力，他的学生们获得了毛细管放电 X 光激光。 X 光激光是目前激光领域公认的最难获得的激光之一，中国是世界上第五个获得毛细管放电 X 光激光的国家。学生们将这束美丽的激光献给了他们的先生，以寄托对先生的无限哀思。
在马祖光的指导下，课题组在国际上第一个实现了离子准分子短波长激光振荡，为此项工作研制的装置获航天部科技进步一等奖。
1996年，马祖光等人在国内第一个提出激光空间信息技术方向，即将激光作为信息载体在空间传递信息和获取信息技术。这是典型的为光电子装备服务的技术。在“211工程”立项时，国家教育部给予这样的批复：“国内前列，同意立项”。他们在这方面开展了国内领先水平的研究。他指导的课题组进行的“空间数字激光通信”是国防科工委民用航天项目，也是至今该实验室获得国家投资最大的课题。激光卫星光通信也在“863-701”主题和总装备部中继星重大专项中立题。这是当前国际上先进国家都十分重视、发展和解决全球通信链路中卫星传送信息尚存在瓶颈的重大技术。他们承担了总装预研课题“xx导弹未来型前视激光主动成像末制导导引头的研究”项目，在国际上开展这方面研究的只有少数几个国家。
红外激光技术也是在马祖光的指导下发展起来的一个重大方向。“小型化TEACO 2 激光器”和“封离型BN陶瓷波导CO 2 激光器”，为激光制导和激光雷达提供了可用器件。马祖光指导进行的具有国际先进水平的“高功率快速调谐TEACO 2 激光器的研究”，是在研的“十五”总装备部光电子组预研课题。“稳频CO 2 激光器”、“双通道共电极波导CO 2 激光器”和“双通道共电极折叠腔波导CO 2 激光器”都获得了国家发明专利。
80年代末，马祖光在国内第一个提出用TNT炸药爆炸时的能量转变成激光的新概念激光武器的设想，即用爆轰能转变成定向能的设想。这是一个新的研究方向，他指导了两届博士生做了理论和实验准备，有了初步的基础后，2002年在“211工程”二期建设中，他就提出立项，准备正式开展研究工作。在“211工程”二期立项评审时，评审组组长王越院士说：“作为一个重大的研究方向，这个课题是最典型的理工结合的课题。”2004年，这个课题已在总装备部重点基金立项。
马祖光特别关心激光在空间应用的发展。激光推进技术，既有深入的基础理论研究，又有重大的应用背景，又是多学科交叉和融合的前沿性技术，在国际上只有少数几个国家开展了这项研究。马祖光在逝世前的一段时间，花了大量的心血去研究激光推进技术。
马祖光凝练的学科方向明确、确定而有特色，在基础研究领域做出了高水平的创新性工作；在应用研究领域，以光电子武器装备建设为特色，取得了一批高水平成果。
在“211工程”及重点共建中，马祖光领导的物理电子学学科在学科建设、科学研究、管理水平等方面都达到国家重点学科水平，总体办学水平达到全国高校同类学科前列。这个学科的某些方向已达到国际先进水平。近年来，国家级重点实验室在激光主动成像制导雷达关键技术、卫星间激光通信技术、可调谐激光技术——快速调谐小型TEACO 2 激光器、OPO可调谐激光器等方向上承担了许多课题，获各类奖励10余项，发表核心以上论文400余篇，完成著作和教材数大大超出原定计划。在此期间，这个学科共主办召开了5届中俄国际激光物理与激光技术研讨会。
在科学研究中，马祖光常说：“课题如果在国外立不住脚，在国内就别想站起来。”作为学术带头人，他的学术思想具有极强的前瞻性，他带领一支队伍在他们亲手建立的实验室里，干出了一个个国际首次的研究成果。
甘为人梯，提携后人。“让年轻人在高起点上工作前沿学科要有过硬队伍。”他培养的一支光电子学科队伍星光灿烂
“一马当先，万马奔腾。”这样比喻马祖光和他带领的学科组，是非常恰当、贴切的！马祖光的大师风范，时时刻刻影响着他周围的人。他培养的学生一代又一代，给光电子学科打下了严谨治学、奋发进取的好传统，也使这支队伍星光灿烂。
在学科建设中，马祖光想的是集体利益和光电子这个团队。他常说：“一个前沿学科，必须要有一支过硬的队伍。专业建设的一个重要目标是培养人，是吸引和稳定一支高水平的师资队伍。如果我们本身不能培养一支高水平的队伍，不能培养一支勇于创新的队伍，那么我们的学科就不能在国际上保持前沿地位。”无论是培养师资队伍，还是培养学生，马祖光都坚持走创新这条路。
培养队伍，马祖光坚持以国内培养为重点，国内外联合培养并举。他结合每个人的特点，分别把青年教师安排到不同的重要科研方向上，给他们压重担。这些教师后来有的已成为重大课题组组长，有的成为“ 863”专家。马祖光说：“有较好的设备条件，可以使青年教师们一开始就能在较高的起点上工作，让他们看到学科发展的前途。”一位青年教师说：“马老师所说的良好的工作环境和学科发展的前途，正是我们所向往的。”
马祖光领导的这支队伍很有战斗力。教师们在学术会议上，总能自信、从容地回答各种提问。而在这背后，有谁知道他付出的心血呢？“有一次在国内召开国际光学会议，会议要求用英文发言。当时哈工大有近 20人参加，参加者的外语水平又参差不齐。马老师认为我们的外语水平不过关，所以他把大家召集起来训练，大到论文结构，小到每个单词发音，他都不容有半点含糊。他让大家一遍一遍地练习，直至大家已达到纯熟的地步，马老师才放行。我们都戏称这叫‘过筛子'。”
马老师认为科学研究要经常交流、沟通。谭铭文说：“马老师跟别人交流不是表面的，是真心交流。他在学术上不自私。对每个人正在做的课题，他都毫无保留地提出自己的想法和建议。”
“科学研究需要一个宽松的氛围，马老师为我们提供了这样的氛围。”马老师不仅注重教研室同志们的交流，还经常邀请外面的知名专家来教研室讲学。在这样一个宽松、向上的环境里，大家经常能撞击出科学的火花。
王骐、王雨三、于俊华、胡孝勇、王月珠、高惠德、刘逢梅等老教师在光电子技术专业的创建和发展中做出了突出的贡献，早已成为独当一面的专家。他们忘不了：建专业初，为培养我们，马老师给我们翻译资料、讲解，几乎是手把手地带我们。
王雨三、高惠德老师说：马老师在队伍建设中，注重团队精神，集体观念很强。他推荐了相当一批人进入“ 863”领域和有关专业委员会中担任要职。我们一个专业能有这么多“863”专家是不多见的。无论做什么，马老师首先想到的就是专业和集体。
王骐，马祖光 50年代核物理专业的学生，是省优秀中青年专家、总装备部光电子技术专家组和国家自然科学基金学科评审组专家，曾是“863”激光技术领域X光组专家。1990年他接马老师的班，担任教研室主任，1995年担任研究所所长，1996年由马老师推荐担任了第一任国家级重点实验室主任。十几年来，他在马老师的指导下，具体组织和领导了学科建设。他研究X光激光在国内很有特色，开展的激光主动成像雷达技术研究成为本学科激光空间信息技术方向标志性的研究课题之一，多次做出“国际首次”的创新工作。他说：“我1964年毕业时，马老师就找我谈话，给我提出又红又专的要求。这些年，我一直跟着马老师搞激光研究。他对我的影响是最深的。”
尽管马祖光在激光教研室德高望重，但他从没以此自居来教训别人。“他谦虚、民主，没有一点儿学霸作风。不管多忙、多累，他总是很耐心、认真地听我们的想法，然后帮我们分析、指路，使我们常常有一种豁然开朗的感觉。”这是青年教师们都能感受到的。
曾是马祖光的博士研究生、已担任教务处副处长的张中华回忆马老师对他的严格培养时说：“我第一次讲课，讲激光原理。马老师说，他一定要听我试讲，通过了才能上讲台。马老师听完我试讲，给我列了10本书，这些书都是国外的教材。他要求我必须看完，并评价出哪本好，哪本有什么问题。我看了几个月，这些书开阔了我的视野，对我的帮助很大。我把讲稿写出来，马老师才允许我讲课。”
马祖光特别支持年轻教师创新。当一位教师了解到“慢光”是一个很新的研究方向，经过一段时间的努力取得一定进展时，他把这个消息告诉了马祖光。马老师听到后，立即兴匆匆地从家里赶到实验室：“好，你再演示一遍！”看完实验过程和数据，马老师高兴地跑了好几个办公室，逢人便说：“做出慢光了，这可是个新领域呀。”
很多年轻教师忘不了：我们做的许多科研课题，有的是马老师争取来的，有的是在他指导下立项的，但他却把这些课题分给我们年轻教师，并让我们当课题组组长，把我们推到前边。他指导我们，却很谦虚。他给我们挑重担的机会，给我们创造了成长的条件。”在教师中，马祖光的培养方法和提携后世的高风亮节是有口皆碑的。
他主动把重要岗位和关键岗位让出来，指导他们发挥作用。
陈德应、吕志伟、马晶、张中华、掌蕴东、林殿阳、申作春、谭立英、何伟明、鲁建业等一大批年轻人都曾是马祖光吸引来的，现在他们都已在这里扎根，并成为学科骨干和学科带头人。
长江学者特聘教授吕志伟，是马祖光80年代的学生，现在担任国家级重点实验室主任、航天学院副院长、国家“863”高技术惯性约束聚变技术神光Ⅲ总体技术专家组和主机前端专项组成员、教育部电子科学与技术教学指导委员会副主任、黑龙江省优秀中青年专家。他承担了多项国家高技术和国家自然科学基金等课题，取得了多个“国际首次”的研究成果，在光学相位共轭技术领域做出了很好的工作。谈到自己的成长，他对马祖光等老一辈教师甘为人梯的精神，有说不尽的感激：“80年代初，我慕名而来跟着马老师学习，从那时起就一直得到马老师的教导和培养。现在取得的每一点成绩都凝结着马老师的心血。马老师严格要求、精益求精的学风、不懈求索、无私奉献的品格，高屋建瓴、洞察前沿的睿智，将伴随我一生。”
如今担任光电子技术研究所所长、光电子信息科学与技术系系主任、国家级重点实验室常务副主任的陈德应，做出了多个创新性的研究成果。他获得航空航天工业部科技进步一等奖 1项、国家发明专利1项。2002年5月，陈德应被推荐在中国科学院技术科技论坛上作了《离子和离子间激光感生碰撞能量转移的理论研究》的学术报告，并得到了与会专家、院士的好评。陈德应说：“我在读高中时，就知道光学专家马祖光的名字，自上大学的第一天起，我就有一种强烈的愿望，希望读马老师的研究生，亲自得到他的指导。在师从马老师的日子里，先生的言传身教不仅教我科学严谨地做学问，更教会了我如何为人做事。先生常说：要做事，首先要会做人；不会做人，就不会做事。在我的成长中，处处都有先生无私的帮助。”
光电子专业在哈工大第一个招收了来自巴基斯坦的洋博士韩达尼。这位曾获巴基斯坦总统奖的学生说：“我在巴基斯坦就知道马老师的名字，我们那儿有很多搞激光的人都知道马老师学术水平高，知道哈工大光电子技术专业工作非常好，我就是慕名而来的。”
有好的学术带头人，有一个好的学术研究环境，就引来了好的人才。陈德应从复旦大学博士后流动站出站后，又返回哈工大原专业；海王奖获得者掌蕴东在哈工大毕业时，本没打算留下，但最终还是被这里吸引了，在专业上做出了成就。
先进的实验设备，在培养教师和研究生的动手能力方面起了关键的作用。80年代初，马祖光引进了“准分子激光器”、“光学多道分析器”等一批先进设备，这些设备是全国第一批引进的。当时国内很多单位都派人到这里培训。后来马祖光的学生、青年教师邢达到日本东京电气通讯大学做了这个学校的第一个中国访问学者。日本导师让他把一个电子束装置连接起来。导师本以为这个中国学生会用很长时间，但邢达只用了一两周时间就完成了。导师很惊讶：“怎么会这么快？”邢达说：“这些我在中国都做过。”“噢，没想到，哈工大的学生真行。”日本人点头称赞着。陈德应在复旦大学做博士后期间，仅用两周时间就完成了来自美国一所名校的一位博士后用一年半都没有完成的课题，在那里留下了“名师出高徒”的美名。林殿阳、申作春等每一名青年教师都取得了创新性的科研成果。专业的每一位教师都把光电子技术学科组称为成才的摇篮。有人说：“光电子有一支星光灿烂的队伍。”
在“ 985”一期建设中，马祖光指导的这支队伍在学科建设中取得了长足的进步：
—— 1999年，获准“长江学者奖励计划”特聘教授设点单位，并于2000年聘任了“长江学者”特聘教授，同年与兄弟学科一起建成“电子科学与技术”一级学科博士后流动站；
—— 2000年，建成“电子科学与技术”一级学科博士学位授权点；
—— 2000年，在总装备部组织的国家级重点实验室评估中，“国家级重点实验室”被评为“A”，在电子元器件与技术类中名列全国第二；
—— 2001年，物理电子学学科被评为国家重点学科，马祖光被评为中国科学院院士；
——仅从 1999年至2003年，他们就承担了总装备部预研项目、国家高技术“863”课题、国防科工委项目和国家自然科学基金课题 等国家级科研项目24项。
在光电子师资队伍中，博士化率已达70%。目前，这支队伍正承担总装备部、国防科工委、“863”高技术、国家自然科学基金等一批重大课题，“十五”期间的计划总经费约达6000多万。
马祖光为学科发展和队伍建设倾注了毕生的心血。晚年，他主持了“ 985工程”二期和“211工程”二期建设的论证工作，对学科的调整、整合、提高提出了许多新的设想，并对青年教师寄予很大希望。他经常对他们说：“过去的研究方向基本上是一个个独立的方向，现在强调技术上的交叉，这对学科发展是非常有好处的。青年人要多学习，德才兼备，把光电子这个事业继续下去。”
治学严谨，殷殷教诲。“教师不能辜负学生千万不能误人子弟。”他一片冰心，精心育人，春雨润物细无声……
“马老师教书育人就像春雨落地，我们听不到一丝声音，但却能滋润我们的心田……”马祖光的学生这样说。
马祖光在给博士生上第一堂课时，就让学生知道刘连满的故事。刘连满是我国登山队的队员，在攀登珠穆朗玛峰时，他自告奋勇地用冰镐在前面刨台阶，用双肩搭人梯，把战友一个一个托上去。他体力耗尽了，在离顶峰只有 100米的时候，自愿留了下来，在缺氧的情况下，他毅然关掉氧气筒，把生的希望让给了战友，把登上珠峰的荣誉让给了别人。
马祖光常跟学生说：“做学问也好，做事情也罢，首先一定要做一个高尚的人。顾大局，让荣誉，要具有无私、无畏的精神。”马祖光要求学生做到的，他自己首先做到，这正是他有口皆碑的人格魅力所在。
“培养博士生要‘功夫到家'。‘功夫'要下在‘解惑'上，‘解惑'包括做人和敬业两方面。博士生的工作是一个较高层次的具有创造性的高水平的科学技术研究，所以必须精心设置培养他们的环境和条件。”这也是马祖光呕心沥血建一流实验室的原因之一。
马祖光坚持“博士生要德才兼备和创新并重”的培养方法。他说：“献身、创新、求实、协作”是‘ 863'精神，这精神也同样适合指导研究生的科研工作。‘创新'要紧紧跟在‘献身'之后。”
他的博士生的研究课题，都像他要求的那样，在激光研究方面完成了国际首次做出的成果，这些研究都有鲜明、突出的创新点。
在学术研究上，马祖光对虚假的、腐败现象深恶痛绝。学生们都知道，要想在马老师那里搞歪门邪道，是绝对不可能的。
实验室的赵晓彦清楚地记得：“为了培养学生严谨、系统、重实践的科研思想，马老师要求学生在实验前一定要把实验准备，包括电源、水的安全等全都写出来，并仔细检查实验方案，跟学生一起讨论，一步步引导学生。”
马祖光经常亲自参加博士生的实验，也常告诉学生：“一定要有创新成果。如果你的论文与别人撞车了，你就要改做别的课题。试验结果不能光听，一定要亲自去做，亲眼看到，我们是在做科研，不是听故事。”前年，实验室要做一个激光大气传输的实验。因为这个试验要求在夜里23：00以后开始做，年轻人劝马老师：“您先回家休息，我们会随时向您报告试验进展的情况。”“这哪儿行，不亲自操作，不亲眼看到，这叫什么试验？”马老师和年轻人一起观察数据，一直到清晨6点，试验数据才出来。当其他老人出门晨练时，马祖光才疲惫地回到家……
2003年，马祖光已74岁，有个博士生做“毛细管放电”课题实验。马祖光审阅了他的论文后，觉得有个数据还拿不准，就和学生一起研究，从概念的确定到制定实验方案，做得非常详细。因为实验很辛苦，时间又长，学生说：“马老师，我知道怎么做了，您先回家吧，等实验数据出来我就马上打电话告诉您。”马祖光不同意，坚持与学生一起做。这个实验一做就是连续6个小时。那位学生被导师严谨治学的科学态度所感动：“马老师一刻也没有离开过实验室，眼睛时刻盯着测试仪器。数据终于出来了，马老师非常高兴。这时已是晚上10点多了，天又下起雨来，我搀扶着马老师，他深一脚浅一脚地走着……到他家门口时，我看着他的背影，心里一阵发酸：导师啊，多像我的父亲……”
“做学问来不得半点马虎，要能经得起别人的考问，经得住时间的考验。”电子工业部委托马祖光主编一本激光统编教材。他数次召开编者会，要求取材一定是当今最新成果，每个定义、概念要准确恰当。他再三嘱咐：“千万不能误人子弟。” 25万字的书，几易其稿，他对每一章、每一节、每一页、每一行，甚至包括标点符号，都仔细推敲。当大家认为可以印刷的时候，他还建议再改几遍。他说：“严谨是做学问最起码的态度，可不能在知识界里当奸商啊！”
马祖光治学严谨，对学生要求严格，在学校是出了名的。他有时精益求精已到了“过分”的地步。学生说：“明明几个数据就可以证实的实验，马老师非要求采集更多的数据。在实验过程中，他对每一个操作细节都要求得很严，他常说，这些看起来是微不足道的小事，但对于精密的仪器，有时轻微的局部变化都会给实验造成一个岔路口。”
马祖光培养学生一丝不苟，责任心极强。每位博士生开题，马祖光必须参与，帮助学生选题、分析、查资料。对学生的每个课题，他都挂在心上，查找大量的相关资料。学生常常说：“我们要做的课题所掌握的材料，还不如马老师掌握的多。”
博士生答辩前，马祖光要求学生把论文至少提前几周交给他，他要仔细阅读和修改。他妻子说：“老马常常在夜里一两点钟的时候，还坐在床上看学生的论文。每个不准确的数据、不准确的英文翻译，从遣词造句到标点符号，他都用红笔圈出来，第二天让学生去修改，一遍不行两遍，直至再也找不出一点毛病为止。我劝他快睡觉吧，明天再看，他总说，明天就要把论文交给学生。有好多次改论文，他夜里都犯了病。唉，老马太累了…… ”
巴基斯坦只给达尼提供了4年的留学经费，眼看签证期限就到了，达尼很着急，就跟马祖光商量做实验时能不能简化一点，马祖光坚决不同意。他理解达尼的心情，帮达尼查资料，做了大量的工作。达尼做的是一个新领域的课题，他的论文马祖光至少改了7遍。最后论文被刊登在一本国际权威杂志上，还被评为哈工大优秀博士论文。
博士生、硕士生每次答辩，马祖光总要亲自参加。有时马祖光惟恐忘了时间，再三嘱咐同事一定要提醒他。马祖光的同事说起这些事都很感动：“博士生答辩的时间长，年迈的马老师从来不迟到，不早退，常常一整天跟我们一起认真听，不断询问，并坚持听完每个答辩。”
马祖光的秘书讲，有一段时间他的脚浮肿得很严重，同事和家人都劝他住几天院。正巧这时有个博士生答辩，马老师一定要坚持参加完答辩后再去住院。
就在马祖光逝世前 1周的时间里，他已感到很不舒服了，但还是连续参加了硕士和博士学位的论文答辩。“我们都希望马老师给我们把关，但没想到，他太辛苦了，太累了……如果我们知道会这样，一定要劝他回去……”他的研究生含泪哽咽着说。
学生们从马祖光的严格要求中，感到的是殷切的期望，是温暖和慈祥。对于已经毕业的学生，马祖光依然关心他们的成长。学生们也很信任马祖光，常常写信来向导师汇报他们的近况。看到学生的每一个进步，马祖光都发自内心的高兴。学生有什么困难，他总是尽最大努力帮助他们。前几年他的学生张春娥毕业后去了四川工作，去年准备出国，她打电话来请马祖光帮她整理成绩单、写推荐信。马祖光跑图书馆，跑教务处，一样一样地把材料准备好给她寄去。
作为一名科学家，科学是他的事业；作为一名教师，培养本科生成才，也是他的事业。每一项事业都凝聚着他的心血。马祖光认为本科生的培养就像塑造一块块毛坯一样，不求很专，但一定要强调基础，强调动手能力和实验能力。
担任多年教研室教学主任的王雨三说：“我每次制定或修订教学计划时，马老师必亲自参加，他一定要坚持两条：一是不能削弱基础课内容；二是实践环节要加强。他强调物理实验要多做，生产实习不能停。光电子技术实验室永远都是向本科生开放的。前些年，在实习经费很少的情况下，学生们到天津、北京的实习也从未中断。他常说：‘我们不能误人子弟，要精心培养合格的学生。'”
“马老师作为教育家，他的教育理念是先进的。他主张宽基础，培养学生的创新能力。 1999年，我刚到教务处工作，在制定专业调整后新的教学计划时，曾请教过马老师。他对我说，一定要抓好基础性教学工作，基础打好了，扩展到其他专业也容易。受马老师的启发，我到教务处后做的第一件事就是制定注重基础研究的新的教学计划，我的很多工作是受了马老师教育思想的影响。”青年教师张中华回忆恩师对他的影响感慨颇多。
在哈工大，马祖光是呼吁博导、教授上讲台给本科生讲课的倡导人之一。就在他去世前一个月，他还应邀到二校区为学生作题为《做人与做事》的讲座。那天马老师很不舒服了，老伴劝他：“你身体不好，二校区还挺远，就别去了。”可马祖光说：“二校区的学生都在等着我，我不能辜负他们的热情呵。”讲座中同学们被马祖光的人格深深打动了。讲座结束后，学生们围着这位平易近人的院士问这问那，这一聊又是两个小时，到家时已是夜里11点多了。
马祖光的秘书也是在职博士生鞠有伦说：“马老师经常收到来自全国各地小朋友的信。他们在信中好奇地询问激光方面的知识，有些问题千奇百怪。每次接到这样的来信，马老师都尽量回复。然后把这些信交给我寄出去，每次他还不忘给我邮费说：‘这是我的私人信件，别用公家的钱。'”
大家都说马祖光就像慈祥的家长一样，因为他总是把集体和大家的事看得很重，处处操心，而把自己的事看得很轻很轻。一位青年教师、马祖光的学生回忆说：“有一年，我得了比较重的病，当时心情不好，第一个想告诉的就是马老师。他接到我的电话很着急，建议我去北京治疗，让我去找他在卫生部工作的一位好友。当时我很感动，马老师自己有病，爱人有病，都不麻烦人家，为了我，他却要向人开这个口……”
凡是和马祖光接触过的人都说：马老师是个真正的好人，心里总是装着别人，惟独没有自己。只要别人有求他，他都尽心尽力地帮忙。他帮助过很多人，他把帮助别人看做是自己应尽的义务。但他有困难，却从来不向人张口，总怕给别人添麻烦。
马祖光就像一只蜡烛，随时可照亮周围的人。他一生都在办专业，一生都在培养人，一生都在关心人。他像春雨润物，感化着周围所有的人……
淡泊名利，高风亮节。“事业重要，我的名誉不算什么。”他功成不居，坦坦荡荡，人格魅力凝聚人心
评院士，中科院在审阅马祖光的推荐材料时，却有这样一个疑问：马祖光作为光学领域的知名专家，他的贡献在光学界是有目共睹的，可在许多论文中他的署名却在最后。“这就是科学家马祖光的人格魅力所在。”在和马祖光合作的同事及学生的眼里，马老师的署名虽然在最后，但他的贡献却是第一位的。在航天学院关于马祖光的论文署名一事，早已成为美谈。
刘国立不会忘记，当年马老师决定让他出席全国激光会议，并在会上宣读论文《紫外激光激励钠二聚物的 2.50-2.56微米激光》。这是根据马祖光提出的理论首次发出激光、属于世界前沿水平的研究成果，马祖光做了很多工作，刘国立自然把马祖光的名字写在了第一位。当刘国立在四川开会前，收到由马祖光最后修改的论文时，他发现论文中自己的名字赫然排在第一位，而马祖光的名字又排在最后一位。
老教师王月珠也不会忘记：“马老师刚从德国回来时，他把自己在国外做的许多实验数据和照片交给我，让我测试。论文他改了三四遍，我便把他的名字署在了前面，他坚决不同意，最后还是把他的名排在了最后。”
这样的事，教研室每一个人都遇到过，并且不只一次。
马祖光的同事说：“教研室的许多教师和研究生的课题方向都是马老师提出来的。这些课题他都亲自定方案，亲自指导，定期检查，按理说，马老师的名字署在第一位，这在学校里是很正常的。但在论文署名上马老师却让和他合作的每一个人深受感动。几乎每一篇论文的署名都有这么一个过程：别人把马老师排在第一位，马老师立即把名字勾到最后一位，改过来勾过去，总要反复多次。根据教研室的规定，通常需要马老师对发出的稿件进行最后把关。所以，马老师又把封皮一换，重新署名，自己仍排在最后。他总是说： ‘ 事业重要，我的名不算什么。'”
提起这些，老教师胡孝勇、尚铁梁都深有感触地说：大公无私，是马老师突出的美德之一。他为别人的课题做了大量的准备工作，花了大量的心血，这和有的人在学术研究中的种种自私自利的做法，形成了鲜明的对比。马老师做了别人能做而没有做的事，这就是他的平凡和伟大。他做人真实、坦荡，从来不为自己的前途设计。
马祖光把科学研究看做大家共同的事业，把自己的名誉看得很轻。作为我国“863”第一批领域专家，他在国内学术界威望很高。正因为有这样的影响力，马祖光为教研室争取了多项国家“863”课题、自然科学基金和国防课题。可以说，80年代和90年代哈工大激光教研室的绝大多数课题，都是在马祖光的指导下争取来的，并根据他的学术思想确定的。
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