第十一集
吴和尚家早有官军看护。林文察制服官军，闯进内室，终于手刃仇人。为打赢官司筹钱，吴姓家人将吴和尚家产判给吴亮。曾老先生则为林家写好状子，要拼出老命救出文察。何瑾派臬台赴台湾会同府县两级准备对林文察案三堂会审。彰化县衙师爷夜访吴宅，为吴亮打赢官司出谋划策。三堂会审开始了，一上来臬台就指责曾老先生越衙告状，要杖脊四十……
第十二集
官府袒护，林文察被判三日内押送福州，听候处决。闻此判词，曾老先生倒在堂上……为救文察，琴娘当街拦轿喊怨，最后自杀于臬台面前。何瑾不得已只好把林文察关在台湾“不判也不放”。阿汕还了俗来到林家见到的是爷爷最后一面，关在狱里的林文察早把自己的生命看得很淡，慧济大师来告诉他：“抬起头，向前看。”丈夫被害，儿子陷狱，戴氏领着小儿子将林家撑了起来。
七年后，江浙暴乱蜂起，左宗棠为筹军粮派孔昭慈赴台。临行前左宗棠交给孔昭慈一封姚莹写给林定邦的信，告诉他：“拿着这封信筹粮就没问题！”
第十三集
孔昭慈赴台筹粮遇到莫勤的暗中阻挠，他从丁之建处打开缺口，并最终在为林文察平反怨狱的事情上参倒了莫勤，抓判了吴亮。林文察终于出狱了！孔昭慈征到了军粮，让林文察帮他护送军粮过海，苦苦撑持林家七年的戴氏再也不愿儿子离家历险，林文明也不愿让哥哥替官府出力，捅开了对林文察说：“什么建功立业，不就是想出人头地吗……”“啪—”林文察一个耳光打在林文明的脸上。
第十四集
台湾也开始办团勇了，已被何景收买的丁之建鼓动曾阿汕拉起一支队伍。曾阿汕拿着林家的钱到福州找到大商人杨贽买回二百条枪。饭桌上，林文明满心想看看枪是个啥样子，可曾阿汕告诉他，枪已捐给官府了，二人激烈争吵。曾阿汕要离开林家了，林文察把十甲田的田契塞到他的怀里。曾阿汕用枪逼着米行老板用高价买走了十甲田，并用这些钱办起了自己的团练。林文明找到曾阿汕要枪，被曾阿汕叫人打伤。彰化码头，丁之建正组织人将粮食运往福建，被及时赶到的孔昭慈阻止，二人矛盾进一步激化。孔昭慈决定启用林文察。
第十五集
孔昭慈说服了林文察帮他做事，但团勇仍掌握在曾阿汕和丁之建手里。丁之建想让曾阿汕将粮食偷运过海，孔昭慈再次阻止了他，二人终于决裂。林文察护送孔昭慈押粮过海，被左宗棠授予四品顶戴。林文察受命回台练勇，丁之建和曾阿汕也不得不到码头违心相迎。对林家忠心耿耿的阿三对文察说：“曾阿汕那人反骨可写在脸上。”林文察不以为然，仍然让曾阿汕当了团练副办，并开始招募自己的团勇。募勇的队伍里，一个后生问林文察：“草山堂吴姓的要么？”
第十六集
河边草地上，新募的团勇练成了。林文察开始为浙江筹运军粮。福建官府和浙江官府的矛盾更加剧烈，他们用王命旗牌调林文察带领台勇到福建打仗，并让林文察台勇孤军陷阵。左宗棠过问了，何瑾责问提督，提督只得让罗总兵派台勇进山去找林文察。
第十七集
台勇孤陷敌阵，林文察告诉大家：“我们一定要打，打赢了再走。”何瑾再次督师进剿，眼看又是一场败仗时，敌军却突然溃退。是林文察带兵端了敌军的老巢，立了大功。庆功宴上面对何瑾的拉拢，林文察冷冷地说：“我还是要为左大帅运军粮。”几年后，林文察已擢升为记名提督。为吸引敌军，左宗棠将自己置于险地，而把最重要的一路交给林文察来守。恰在此时台湾也发生了大叛乱，乱匪声言要在台湾建国，并指名要灭掉雾峰林家，情况万分危急。左宗棠急调林文明率一千军回台救援。严旨之下，何瑾也只得派丁之建和曾阿汕领二千军援救台湾。
第十八集
乱匪逼进，戴氏组织林姓垦民坚守御敌。面对也被乱匪围困的彰化县城，孔昭慈将仅有的三千兵中派出两千援救雾峰。曾阿汕以援军太少为由不去彰化解围，林文明只好独自率军救援彰化，被敌所阻。彰化城破，孔昭慈自杀。林文察率大军登台，乱匪溃退了，丁之建和曾阿汕为抢功从西门抢先进了彰化。彰化道台衙门口，林文明与曾阿汕险些火拼，林文察赶来将二人一同罢官投入狱中。戴氏责问林文察为什么这样做，林文察却说他自己也正要辞官。何瑾受朝廷之命亲赴林家宣旨，请林文察出山，林文明大声对林文察说：“这个旨不能接呀！”
第十九集
何瑾答应了林文察的三件事，林文察上任福建水陆提督。被撸得干干净净的曾阿汕给降了职的丁之建出主意：要干就干粮道，这就把林文察的命脉捏在手里。林文察上任后大力整顿军纪，曾阿汕暗中策划将八镇总兵贪墨军饷的事捅给林文察，从而激化了八镇总兵与林文察的矛盾。对林文察参奏八总兵的折子，朝廷只是让他率军即刻进剿。
第二十集
得知林文察与福建官场矛盾恶化，左宗棠急派刘敖往见林文察，苦苦相劝。刘敖好不容易将八总兵和林文察叫到酒楼，林文察却当着刘敖的面告诉八总兵：“我林文察绝不跟你们同流合污。”刘敖走后，林文察再查八总兵的帐，却发现每一笔账都已改过。看着熟悉的笔迹林文察明白了。在丁之建处林文察见到了曾阿汕。曾阿汕讲出了一切，林文察却没有杀他，只让他把一封信带回去交给戴氏。漳州战场上，对官场完全失望的林文察只带八百人去打万山关，漳州收复后，林文察战死万山关。
